Trường có 2 lớp (năm thứ nhất và năm thứ hai), học nhờ trường Cửa Bắc. Người Pháp giảng dạy một số môn. Người Việt Nam có thêm thầy Vũ Văn Roãn.

Với 3 lớp, trường chuyển về phố Gốc Ngái. Nhà trường có thêm các thầy Nguyễn Văn Bằng, Mai Phương, Nguyễn Gia Tường.

Giám đốc Nha học chính Bắc Kì quyết định cho Nam Định được mở tiếp năm thứ tư. Do đó, trường mới được xây dựng ở đầu phố Bến Ngự (nơi đặt trường Tiểu học Phạm Hồng Thái bây giờ).

Trường chuyển ra địa điểm mới và theo Nghị định số 2419 lúc bấy giờ của toàn quyền Đông Dương ký ngày 23-09-1924, trường đổi tên là Cao đẳng tiểu học Pháp-Việt.

Nhà trường tuyển 80 học sinh (vẫn chưa tuyển nữ sinh), nhưng năm học sau chỉ tuyển 40 học sinh vì thiếu lớp học. Năm 1925 Sac-lơ Pa-trix, một nhà văn, được bổ nhiệm làm hiệu trưởng.

Trường có thêm nhiều thầy dạy, các thầy người Việt Nam, tính đến năm 1925 có thêm 15 người. Học sinh trường Thành Chung Nam Định có truyền thống học giỏi và yêu nước, chịu ảnh hưởng của các phong trào yêu nước và phong trào cách mạng sớm lan tỏa vào trường trong giai đoạn này.

Nhà yêu nước Phan Chu Trinh mất. Nhân dân Nam Định cũng đã đấu tranh đòi được tổ chức lễ truy điệu cụ Phan, nòng cốt là học sinh trường Thành Chung. Học sinh đã bãi khóa và tổ chức thành công lễ truy điệu.Năm 1927 đồng chí Nguyễn Văn Hoan đã tổ chức chi bộ VN TNCMĐCH đầu tiên ở trường Thành Chung.

Nhiều học sinh của trường Thành Chung...lần lượt được kết nạp Đảng. Năm 1928 có một số gia nhập Đảng Cộng Sản: anh Nghiêm Tử Trình (sau này là Ủy viên Ủy ban Hành chính Hà nội những năm 1950) và nhà văn Nguyễn Tuân.

Bộ máy nhà trường có nhiều thay đổi. Thực dân Pháp khủng bố mạnh. Nhiều học sinh là nòng cốt của phong trào đã thôi học, đi hoạt động cách mạng.

Nhà trường có thêm một số giáo viên. Hiệu trưởng Agard bị đổi đi nơi khác, Pierre Maneval về thay. Pháp cho xây dựng một trường lớn có 8 lớp ở đầu đường Cổng Hậu. Di tích còn lại của trường nay là phố Thành Chung.

Trường chuyển về địa điểm mới và bắt đầu nhận học sinh nữ. Mỗi lớp có khoảng 5 nữ sinh. Năm học 1938-1939, nhà trường có nhiều thay đổi về bộ máy.

Có thêm nhiều thầy nối tiếp nhau về trường. Năm 1942 trường cao đẳng tiểu học Pháp-Việt đổi tên thành trường Trung học. Sau đó lại được đổi tên thành trường Trung Học Nguyễn Khuyến. Ít lâu sau thầy Phó Đức Tố, giáo sư trường Bưởi chính thức về làm hiệu trưởng.

Trường đổi tên thành trường Trung Học Chuyên Khoa Nguyễn Khuyến có Ban Toán-Lý-Hóa và ban Vạn vật. Lần đầu tiên bậc trung học chuyên khoa được mở ở thành phố Nam Định. Năm 1947 trường chuyển đến xã Yên Mô, huyện Yên Mô, tỉnh Ninh Bình. Một bộ phận của trường Nguyễn Khuyến, chủ yếu là cấp 2, tản cư về Trà Bắc, huyện Xuân Trường Nam Định, do thầy Đào Đình Khánh làm hiệu trưởng.

Pháp đánh Phát Diệm (Ninh Bình), trường THCK Nguyễn Khuyến chuyển vào thôn Ngô Xá, xã Đại Đồng, huyện Thiệu Hóa, tỉnh Thanh Hóa, đổi tên thành trường THCK Nguyễn Thượng Hiền, có các Ban Toán- Lý - Hóa, Ban Vạn vật là Ban Ngoại ngữ. Năm 1950, Thầy Phó Đức Tố làm hiệu trưởng trường THCK Nguyễn Thượng Hiền

Liên khu 3, đã phát triển thêm một số trường cấp 3 do các thầy của trường Nguyễn Thượng Hiền được cử sang làm hiệu trưởng), đến khi giải phóng, những trường này hợp nhất lại thành trường cấp 3 Liên khu 3 và trở về đặt trụ sở tại thành phố Nam Định (1954).

Trường đổi tên thành trường cấp III Lê Hồng Phong.

Do đế quốc Mỹ bắn phá miền Bắc nên trường đã sơ tán về xã Nhân Tiến và Nhân Thắng huyện Lý Nhân tỉnh Hà Nam. Sau khi hiệp định Paris được ký kết, đầu năm 1973 trường lại trở về địa điểm cũ.

Trường có quyết định của UBND tỉnh Nam Định đổi tên trường cấp III Lê Hồng Phong thành trường THPT chuyên Lê Hồng Phong.